Desde que ocurriera el “milagroso aparecimiento” de Jesucristo en el monte Benamor (19 de abril de 1493) y se edificara en el sitio indicado por Rui Sánchez la ermita -popularmente conocida como Casa de Cristo- no cesaron de acudir al lugar vecinos de toda la Comarca y fuera de ella, convirtiéndose el Santuario en centro de peregrinación constante donde llegaban enfermos y tullidos de todos sitios, incluso del Reino de Granada, para curarse espiritual y físicamente. El Ayuntamiento nombró a Jesucristo Aparecido Patrón de la Villa.
Transcurriendo el tiempo, diversas órdenes religiosas intentaron instalarse en la Casa de Cristo, pero fue la Orden de la Merced la que más fortuna tuvo; el Consistorio de Moratalla, en sesión del 25 de Junio de 1589, autoriza su establecimiento. Poco después, en 1726, el Convento se transforma en Colegio Seminario de Misioneros Apostólicos del Real y Militar Orden de Nuestra Señora de la Merced, siendo entonces Comendador Fray Alonso Pulgarín. El primer presidente del Seminario Apostólico fue su fundador: Fray Francisco Miguel Echeverz, quien en su obra “Pláticas Doctrinales”, hace una descripción del Templo del Santo Aparecimiento de Jesucristo en los siguientes términos:
“Todo el edificio de Convento, y Templo está en el monte sobre riscos, en un repecho que mira al Oriente. La Iglesia está à la parte del Norte, corriendo su longitud de oriente à poniente: el Retablo mayor, y su Capilla, están al Oriente, mirando al poniente. (que assi estuvo colgado Jesu-Christo en la Cruz, mirando à Poniente)Toda la longitud de la Iglesia desde una pared à otra, desde el Altar mayor, hasta la testera del Coro, tiene ciento y quince pies mios: su latitud, o anchura, tiene treinta y un pies: este es el caño de la Iglesia con sus paredes lisas, sin Capilla de fondo alguna: para recibir el techo, que es de madera, fabricaron tres arcos de piedra, cuya altura será de cincuenta palmos; de uno à otro cruzan unas vigas de buen cuerpo; sobre ellas hay tablas, y sobre estas, y el barro, las texas, ò texado. La Capilla mayor tiene alguna diferencia. a esta la divide del caño de la Iglesia un arco, no de mas altura, que de veinte y seis palmos poco mas: de poco mas arriba empieza à boltear una bobeda de madera ochavada, pero curiosa para aquellos tiempos, aunque no vuela mucho, porque es bobeda ciega, y rebaxada: de los ciento y quince pies, que tiene de longitud toda la Iglesia, tiene la Capilla mayor treinta y uno, y otro tanto de ancho, con que está en quadro: dentro de este espacio está el Retablo mayor, en la forma que dixe antes, y à los costados; en las otras paredes colaterales, están dos: (no sé si me diga Retablos, ò cosa que lo pareció) están dos nichos pintaditos, y adornados con dos columnitas, y su remate de yeso; y en un nicho está con su Altar nuestra Santissima Madre de bulto, de bellissimo rostro, y bien vestida; y al otro lado, que es al siniestro del Altar mayor, está en su nicho, y Altar el Patriarca San Joseph, de bulto también, y devoto: fuera de la Capilla mayor hay otros dos Altares con sus nichos; y en el de mano derecha del altar mayor, está Santa Maria del Socorro; y en el de la izquierda Santa Catalina, pintadas à los lados de los nichos unas columnas , y remates que fingen retablo. En el mayor están à los lados nuestro padre San Pedro Nolasco à la derecha, y San Ramon Nonnat à la izquierda, ambos de bulto, y devotos: debaxo del arco pequeño de la Capilla mayor hay un rexado de madera, que la divide del resto de la Iglesia. La Sacristia está à las espaldas de la pared, y Retablo mayor, y es casi de la misma capacidad de la Capilla, con techo de maderos, y bueltecillas de yeso: tiene de ornamentos los precisos, y apenas. El Convento es pequeño: tiene su Claustro con bobedillas; ò bueltas de yeso: las celdas pequeñas, y pobres, con sus Oficinas de Refectorio, de Profundis, y Cocina correspondientes.”
En Diciembre de 1811, tropas francesas procedentes de La Mancha, atraviesan el término municipal de Moratalla con dirección a Andalucía, destruyendo los cortijos que encuentran a su paso y saqueando la propia población; en su andadura, llegados al Santuario, incendian el Convento; era Comendador en esta época Fr. Ginés Hernández. Hacia 1818-20, restaurados los desperfectos, los frailes regresan a su recinto.
Tras el pronunciamiento de Riego y la disolución de las comunidades religiosas, entre ellas la de La Merced, los frailes que eran sacerdotes ejercieron como capellanes secularizados en algunas ermitas rurales. No obstante, poco después, la vuelta al absolutismo supuso la reposición de las Órdenes y la devolución de sus posesiones. Nuestros mercedarios regresaron, pero diezmados. El 1 de octubre de 1829, restaurado el Convento, los frailes se instalan nuevamente en él. Pero más tarde, la Desamortización de Mendizábal, determinó la exclaustración de los religiosos de toda España. El 29 de Febrero de 1836, los frailes de La Merced abandonan el Convento de la Casa de Cristo y poco después, las propiedades son vendidas. La edificación del Santuario queda en manos y propiedad del Ayuntamiento, como patrono que era.
En la actualidad, no queda nada del recinto conventual, salvo el Claustro. El Ayuntamiento ha construido en su espacio un albergue y dependencias donde se ubica el Centro de Interpretación del Arte Rupestre. En los últimos años, el Santuario ha registrado diversas reformas de consolidación y ornamento, recuperándose algunas de las primitivas pinturas murales y construyendo un oratorio en el lugar donde, según la tradición, se apareció Jesucristo.
José Jesús Sánchez Martínez. Cronista Oficial de la Villa. 